1. جذب محلول RNA را تشخیص دهید

جذب در 280، 320، 230 و 260 نانومتر به ترتیب مقادیر اسید نوکلئیک، زمینه (کدورت محلول)، غلظت نمک و مواد آلی مانند پروتئین را نشان می دهد.به طور کلی فقط به OD260/OD280 نگاه کنید (نسبت، R).وقتی 1.8 تا 2.0 است، فکر می کنیم که آلودگی پروتئین یا سایر مواد آلی در RNA قابل تحمل است، اما باید توجه داشت که وقتی از Tris به عنوان بافر برای تشخیص جذب استفاده می شود، مقدار R ممکن است بیشتر از 2 باشد (به طور کلی باید <2.2 باشد).هنگامی که R<1.8 آلودگی پروتئین یا سایر مواد آلی در محلول آشکارتر است و می توان سرنوشت RNA را بر اساس نیاز تعیین کرد.وقتی R> 2.2، به این معنی است که RNA به اسید نوکلئیک منفرد هیدرولیز شده است.
 
2. الگوی الکتروفورتیک RNA
عموماً از ژل دناتوره کننده برای الکتروفورز RNA استفاده می شود، اما اگر فقط برای تشخیص کیفیت RNA باشد، ژل دناتوره کننده ضروری نیست و می توان از ژل آگارز معمولی استفاده کرد.هدف از الکتروفورز تشخیص یکپارچگی باندهای 28S و 18S و نسبت آنها یا یکپارچگی اسمیر mRNA است.به طور کلی، اگر باندهای 28S و 18S روشن، شفاف و تیز باشند (اشاره به لبه‌های باندها واضح است) و روشنایی 28S بیش از دو برابر باند 18S باشد، کیفیت RNA را خوب در نظر می‌گیریم.
موارد فوق دو روشی هستند که ما معمولاً استفاده می کنیم، اما هیچ یک از این دو روش نمی توانند به وضوح به ما بگویند که آیا RNase باقی مانده در محلول RNA وجود دارد یا خیر.اگر مقدار بسیار کمی RNase در محلول وجود داشته باشد، تشخیص آن با روش فوق برای ما مشکل است، اما بیشتر واکنش های آنزیمی بعدی در دمای بالای 37 درجه و برای مدت طولانی انجام می شود.به این ترتیب اگر مقدار بسیار کمی RNase در محلول RNA وجود داشته باشد، محیط و زمان بسیار مناسبی برای ایفای نقش خود در آزمایشات بعدی وجود خواهد داشت و البته آزمایش در این زمان سرد خواهد بود.در زیر روشی را معرفی می کنیم که می تواند تایید کند که آیا RNase باقی مانده در محلول RNA وجود دارد یا خیر.
 
3. تست حفظ حرارت
با توجه به غلظت نمونه، دو RNA 1000 نانوگرم از محلول RNA گرفته و به یک لوله سانتریفیوژ 0.5 میلی لیتری اضافه کنید و با بافر تریس pH 7.0 به حجم کل 10 ul تکمیل کنید و سپس درب لوله را ببندید.یکی از آنها را در یک حمام آب با دمای ثابت 70 درجه سانتیگراد قرار دهید و آن را به مدت 1 ساعت گرم نگه دارید.قسمت دیگر در یخچال 20- درجه سانتیگراد به مدت 1 ساعت نگهداری شد.وقتی زمان تمام شد، دو نمونه را برای الکتروفورز بردارید.پس از اتمام الکتروفورز، نوارهای الکتروفورز این دو را با هم مقایسه کنید.اگر باندهای این دو همخوانی داشته باشند یا تفاوت معنی داری نداشته باشند (البته باندهای آنها شرایط روش 2 را هم دارد) به این معنی است که در محلول RNA آلودگی RNase باقیمانده وجود ندارد و کیفیت RNA بسیار خوب است.برعکس، اگر نمونه انکوبه شده در دمای 70 درجه سانتی گراد تخریب آشکاری را نشان دهد، نشان دهنده وجود آلودگی RNase در محلول RNA است.
 
2 روش ها و تکنیک های تجربی برای استخراج RNA
مشکلاتی که اغلب هنگام استخراج RNA با آن مواجه می شویم عبارتند از: (1) بازده RNA کم است.(2) RNA آلودگی نمکی جدی دارد.(3) RNA دارای آلودگی جدی حلال آلی است.(4) تخریب نمونه و مشکلات دیگر
 
1. معرف های استخراج RNA تام که معمولا استفاده می شود
روش ایزوتیوسیانات گوانیدین و روش تریزول متداول ترین روش های مورد استفاده برای استخراج RNA کل از بافت های حیوانی و سلول های حیوانی هستند.مخصوصاً برای نمونه‌های کوچک و بافت‌هایی که استخراج آن‌ها مشکل است، مانند استخراج RNA کل از پوست خرگوش و بافت همبند حیوانات، مناسب است.علاوه بر این، Trizol، به عنوان یک معرف لیز همه منظوره، می تواند برای استخراج بافت های گیاهی، باکتری ها، قارچ ها و سایر بافت ها نیز استفاده شود.برای بافت های گیاهی حاوی پلی ساکاریدها و پلی فنل ها مانند کاملیا اولیفرا، برگ چای، کلزا و غیره نیز می توان از روش CTAB برای استخراج RNA کل استفاده کرد.

به عنوان یک روش مرسوم، روش دو ستونی نیز به دلیل عملکرد دمایی معمولی، عدم نیاز به افزودن RNase و ایمنی – بدون کلروفرم، فنل و سایر معرف‌های آلی برای استخراج، بسیار محبوب است.(محصولات پیشنهادی )