• فیس بوک
  • لینکدین
  • یوتیوب

ظهور SARS-CoV-2 B.1.1.7 Lineage-

ایالات متحده، 29 دسامبر 202012 ژانویه 2021

سامر ای. گالووی، دکترای 1 ;Prabasaj Paul, PhD 1 ;Duncan R. MacCannell, PhD 2 ;Michael A. Johansson, PhD 1 ;

جان تی بروکس، MD 1;آدام مک نیل، دکترای 1 ;Rachel B. Slayton, PhD 1 ;Suxiang Tong, PhD 1 ;Benjamin J. Silk, PhD 1 ;گرگوری ال. آرمسترانگ، MD 2;

متیو بیگرستاف، ScD 1;ویوین جی. دوگان، دکترا

در 15 ژانویه 2021، این گزارش به عنوان یک MMWR پست شدانتشار زودهنگام در وب سایت MMWR (https://www.cdc.gov/mmwr).

در 14 دسامبر 2020، بریتانیا گزارش دادیک نوع نگرانی SARS-CoV-2 (VOC)، دودمان B.1.1.7،همچنین به عنوان VOC 202012/01 یا 20I/501Y.V1 نامیده می شود.*تخمین زده می شود که نوع B.1.1.7 در سپتامبر ظاهر شده باشد2020 و به سرعت تبدیل به جریان غالب شده استنوع SARS-CoV-2 در انگلستان (1).B.1.1.7 بوده استدر بیش از 30 کشور از جمله ایالات متحده شناسایی شده است.ماننددر تاریخ 13 ژانویه 2021، تقریباً 76 مورد B.1.1.7 وجود دارددر 12 ایالت آمریکا شناسایی شده است.چندین خط شواهدنشان می دهد که B.1.1.7 با کارایی بیشتری نسبت به گذشته منتقل می شودسایر انواع SARS-CoV-2 (13).خط سیر مدل شده ازاین نوع در ایالات متحده در اوایل سال 2021 رشد سریعی را نشان می دهد،تبدیل شدن به نوع غالب در ماه مارس.افزایش یافتانتقال SARS-CoV-2 ممکن است مراقبت های بهداشتی را تهدید کندمنابع، نیاز به اجرای گسترده و دقیق تر دارنداستراتژی های بهداشت عمومی (4) و افزایش درصدمصونیت جمعیت مورد نیاز برای کنترل بیماری همه گیرگرفتناقدامات برای کاهش انتقال در حال حاضر می تواند پتانسیل را کاهش دهدتاثیر B.1.1.7 و اجازه دادن زمان بحرانی برای افزایش واکسنپوشش.به طور جمعی، نظارت ژنومی افزایش یافته استهمراه با انطباق مداوم با مردم موثراقدامات بهداشتی، از جمله واکسیناسیون، فاصله گذاری فیزیکی،استفاده از ماسک، بهداشت دست و ایزوله و قرنطینه، خواهد بودبرای محدود کردن شیوع SARS-CoV-2، ویروس ضروری استکه باعث بیماری کروناویروس 2019 (COVID-19) می شود.راهبردیآزمایش افراد بدون علائم اما در معرض خطر بالاترعفونت، مانند آنهایی که در معرض SARS-CoV-2 هستند یا کسانی که مبتلا شده اندتماس اجتناب ناپذیر مکرر با مردم، دیگری را فراهم می کندفرصتی برای محدود کردن گسترش مداوم

نظارت جهانی ژنومی و به اشتراک گذاری سریع منبع بازتوالی ژنوم ویروسی تقریباً بلادرنگ تسهیل شده استتشخیص، مقایسه و ردیابی SARS-CoV-2 در حال تکاملانواعی که می‌توانند به تلاش‌های بهداشت عمومی برای کنترل آن کمک کنندپاندمی.در حالی که برخی جهش ها در ژنوم ویروسیظهور و سپس عقب نشینی می کنند، دیگران ممکن است یک پیشروی انتخابی را ارائه دهندنسبت به نوع، از جمله افزایش قابلیت انتقال، به طوری کهچنین گونه ای می تواند به سرعت بر دیگر انواع در گردش تسلط یابد.

در اوایل همه گیری، انواع SARS-CoV-2 حاویجهش D614G در پروتئین اسپایک (S) که افزایش می یابدجذب گیرنده اتصال به سرعت در بسیاری از آنها غالب شدمناطق جغرافیایی (5،6).در اواخر پاییز 2020، کشورهای متعددی گزارش دادند که شناسایی کردندانواع SARS-CoV-2 که کارآمدتر پخش می شوند.علاوه بر اینبرای نوع B.1.1.7، انواع قابل توجه شامل B.1.351 استنسب اولین بار در آفریقای جنوبی شناسایی شد و اخیراً شناسایی شده استزیرشاخه B.1.1.28 (تغییر نام"P.1) در چهار مسافر شناسایی شداز برزیل در طول نمایش معمول در Haneda (توکیو)فرودگاه§ این گونه‌ها مجموعه‌ای از موتاهای ژنتیکی را حمل می‌کنندیون ها، از جمله در دامنه اتصال گیرنده پروتئین S،که برای اتصال به آنژیوتانسین سلول میزبان ضروری استتبدیل گیرنده آنزیم 2 (ACE-2) برای تسهیل ویروسورودشواهد نشان می‌دهد که جهش‌های دیگری در اینها یافت شده استانواع ممکن است نه تنها قابلیت انتقال را افزایش دهند بلکههمچنین ممکن است بر عملکرد برخی از تشخیص‌ها در زمان واقعی تأثیر بگذاردرونویسی معکوسواکنش زنجیره ای پلیمراز (RT-PCR)سنجشو حساسیت به آنتی بادی های خنثی کننده را کاهش می دهد(2،3،510).گزارش موردی اخیر اولین مورد را مستند کرده استعفونت مجدد SARS-CoV-2 در برزیل با یک نوع SARS-CoV-2که حاوی جهش E484K بود که نشان داده شده استبرای کاهش خنثی سازی توسط سرم های نقاهت و مونوکلونالآنتی بادی ها (9،10).

این گزارش بر روی ظهور نوع B.1.1.7 تمرکز دارددر ایالات متحده.از 12 ژانویه 2021، نهB.1.351 و یا انواع P.1 در آن شناسایی شده استایالات متحده.برای اطلاعات در مورد SARS-CoV-2 در حال ظهورCDC یک صفحه وب اختصاص داده شده برای انواع نگرانی داردارائه اطلاعات در مورد انواع در حال ظهور SARS-CoV-2.††

 نسب B.1.1.7 (20I/501Y.V1)

نوع B.1.1.7 حامل یک جهش در پروتئین S است(N501Y) که بر ساختار اتصال به گیرنده تأثیر می گذارددامنه.این واریانت دارای 13 جهش دیگر B.1.1.7 با تعیین دودمان (جدول) است که تعدادی از آنها در پروتئین S هستند.از جمله حذف در موقعیت های 69 و 70 (del6970) کهبه طور خود به خود در سایر انواع SARS-CoV-2 تکامل یافته است و استفرضیه افزایش قابلیت انتقال (2،7).حذفدر موقعیت های 69 و 70 باعث شکست هدف ژن S (SGTF) می شود.حداقل در یک RT-PCRسنجش تشخیصی مبتنی بر (به عنوان مثال، باسنجش کووید-19 ThermoFisher Taq Path، B.1.1.7 variمورچه و انواع دیگر با del6970 منفی تولید می کندنتیجه برای هدف ژن S و یک نتیجه مثبت برای دو مورد دیگراهداف)؛SGTF به عنوان نماینده در بریتانیا خدمت کرده استبرای شناسایی موارد B.1.1.7 (1).چندین خط شواهد نشان می دهد که B.1.1.7 بیشتر استبه طور موثر در مقایسه با سایر SARS-CoV-2 منتقل می شودانواع در حال گردش در بریتانیامناطق انگلستان بانسبت بیشتری از توالی های B.1.1.7 اپیدمی سریع تری داشتندرشد نسبت به سایر مناطق، تشخیص SGTF افزایش یافتسریعتر از تشخیص های غیر SGTF در همان مناطق، و الفنسبت بیشتری از مخاطبین توسط بیماران شاخص آلوده شدندبا عفونت های B.1.1.7 نسبت به بیماران شاخص آلوده بهانواع دیگر (1،3).نوع B.1.1.7 پتانسیل افزایش تابه ایالات متحده را داردسیر نزولی در ماه های آیندهبرای نشان دادن این اثر،یک مدل محفظه ای ساده و دو متغیره توسعه داده شد.شیوع فعلی B.1.1.7 در ایالات متحده در بین همه موارد در گردشویروس ها ناشناخته هستند اما تصور می شود که بر اساس آن کمتر از 0.5٪ باشندتعداد محدودی از موارد شناسایی شده و داده های SGTF (8).برایمدل، مفروضات اولیه شامل شیوع B.1.1.7 بود0.5٪ در بین همه عفونت ها، ایمنی SARS-CoV-2 ازعفونت قبلی 10٪30٪، یک باروری با زمان متفاوتعدد (Rt) از 1.1 (انتقال کاهش یافته اما در حال افزایش)یا 0.9 (انتقال در حال کاهش) برای انواع فعلی، و بروز 60 مورد در هر 100000 نفر در روز گزارش شده است.1 ژانویه 2021. این مفروضات دقیقاً نشان نمی دهندهر مکان منفرد در ایالات متحده، بلکه نشان دهنده تعمیم آن استشرایط رایج در سراسر کشورتغییر در R t بیش اززمان ناشی از مصونیت اکتسابی و افزایش پروالنز B.1.1.7، با فرض B.1.1.7 R t مدل شدثابت 1.5 برابر Rt از انواع فعلی، بر اساسبرآوردهای اولیه از بریتانیا (1،3).سپس، تأثیر بالقوه واکسیناسیون مدل‌سازی شدبا فرض اینکه 1 میلیون دوز واکسن در هرروزی که از 1 ژانویه 2021 شروع می شود و آن 95 درصد مصونیت14 روز پس از دریافت 2 دوز به دست آمد.به طور مشخص،مصونیت در برابر عفونت با انواع فعلی یانوع B.1.1.7 فرض شد، اگرچه اثربخشی ومدت زمان محافظت در برابر عفونت نامشخص است،زیرا اینها نقطه پایانی اولیه آزمایشات بالینی نبودندبرای واکسن های اولیهدر این مدل، شیوع B.1.1.7 در ابتدا کم است، اما به دلیلآن را بیشتر از انواع فعلی قابل انتقال است، نشان می دهدرشد سریع در اوایل سال 2021، تبدیل شدن به متغیر غالبمورچه در ماه مارس (شکل 1).آیا انتقال جریانانواع در حال افزایش است (Rt اولیه = 1.1) یا به آرامی کاهش می یابد(Rt اولیه = 0.9) در ژانویه، B.1.1.7 یک تغییر اساسی ایجاد می کنددر مسیر انتقال و مرحله جدیدی از نماییرشدبا واکسیناسیونی که در برابر عفونت محافظت می کندمسیرهای اپیدمی اولیه تغییر نمی کند و B.1.1.7 گسترش می یابدهنوز هم رخ می دهد (شکل 2).با این حال، پس از B.1.1.7 تبدیل بهنوع غالب، انتقال آن به میزان قابل توجهی کاهش یافت.تاثیر واکسیناسیون در کاهش انتقال در نزدیکیاصطلاح در سناریویی که در آن انتقال بود، بیشترین بوددر حال حاضر کاهش می یابد (Rt اولیه = 0.9) (شکل 2).تلاش های اولیه کهمی تواند گسترش نوع B.1.1.7 را محدود کند، مانند جهانی وافزایش انطباق با استراتژی های کاهش سلامت عمومی،زمان بیشتری برای واکسیناسیون مداوم برای دستیابی به بالاتر می دهدمصونیت در سطح جمعیت

بحث

در حال حاضر، هیچ تفاوت شناخته شده ای در نتایج بالینی وجود نداردمرتبط با انواع توصیف شده SARS-CoV-2؛با این حال،نرخ بالاتر انتقال منجر به موارد بیشتر و افزایش می شودتعداد افرادی که به طور کلی نیاز به مراقبت بالینی دارندکاهش بار سیستم مراقبت بهداشتی که قبلاً تحت فشار قرار گرفته است،و منجر به مرگ و میر بیشتر می شود.ادامه نظارت ژنومیبرای شناسایی موارد B.1.1.7، و همچنین ظهور موارد دیگرانواع نگرانی در ایالات متحده، برای آن مهم استپاسخ بهداشت عمومی COVID-19.در حالی که نتایج SGTFمی تواند به شناسایی موارد بالقوه B.1.1.7 که می تواند تأیید شود کمک کندبا توالی‌بندی، انواع اولویت‌هایی را که نشان نمی‌دهند شناسایی کنیدSGTF منحصراً به نظارت مبتنی بر توالی متکی است.

 

 

 

نامگذاری متغیر

اولین شناسایی  

جهش های مشخصه

(پروتئین: جهش)

تعداد موارد تأیید شده با توالی فعلی شماره از

کشورهای با

دنباله ها

محل تاریخ ایالات متحده در سراسر جهان  
B.1.1.7 (20I/501Y.V1) انگلستان سپتامبر 2020 ORF1ab: T1001I، A1708D، I2230T،

del36753677 SGF

S: del6970 HV، del144 Y، N501Y،

A570D، D614G، P681H، T761I،

S982A، D1118H

ORF8: Q27stop، R52I، Y73C

N: D3L، S235F

76 15,369 36
B.1.351 (20H/501Y.V2) آفریقای جنوبی اکتبر 2020 ORF1ab: K1655N

E: P71L

N: T205I

S:K417N، E484K، N501Y، D614G،

A701V

0 415 13

 

P.1 (20J/501Y.V3 برزیل و ژاپن ژانویه 2021 ORF1ab: F681L، I760T، S1188L،

K1795Q، del36753677 SGF, E5662D

S: L18F، T20N، P26S، D138Y، R190S،

K417T، E484K، N501Y، D614G،

H655Y، T1027I

ORF3a: C174G

ORF8: E92K

ORF9: Q77E

ORF14: V49L

N: P80R

0 35 2

 

اختصارات: del = حذف;E = پروتئین پاکت؛N = پروتئین نوکلئوکپسید.ORF = قاب خواندن باز.S = پروتئین سنبله.

تجربه در بریتانیا و مدل های B.1.1.7ارائه شده در این گزارش تاثیر مسری تر را نشان می دهدمتغیر می تواند بر تعداد موارد در یک جمعیت باشد.اینافزایش انتقال پذیری این نوع حتی بیشتر نیاز دارداجرای دقیق ترکیبی واکسیناسیون و میتیگااقدامات انجام شده (مثلاً فاصله گذاری، ماسک زدن و بهداشت دست)برای کنترل شیوع SARS-CoV-2.این اقدامات خواهد بوداگر آنها زودتر از دیرتر راه اندازی شوند موثرتر استبرای کند کردن گسترش اولیه نوع B.1.1.7.تلاش برایسیستم مراقبت های بهداشتی را برای جهش های بیشتر در موارد آماده می کندتضمین شده است.افزایش قابلیت انتقال نیز به این معنی است که بالاتر استپوشش واکسیناسیون بیش از پیش بینی شده باید به دست آیددستیابی به همان سطح کنترل بیماری برای محافظت از مردمدر مقایسه با انواع کمتر قابل انتقال.با همکاری دانشگاهی، صنعتی، ایالتی، سرزمینی،شرکای قبیله ای و محلی، CDC و سایر آژانس های فدرالهماهنگی و تقویت نظارت ژنومی وتلاش‌های شناسایی ویروس در سراسر ایالات متحدهCDCتلاش های توالی یابی ایالات متحده را از طریق SARS-CoV-2 هماهنگ می کندتوالی برای پاسخ اضطراری بهداشت عمومی،اپیدمیولوژی و نظارت (SPHERES)§§کنسرسیوم،که شامل تقریباً 170 مؤسسه شرکت کننده است و به اشتراک گذاری داده های باز را برای تسهیل استفاده از SARS-CoV-2 ترویج می کند.داده های توالیCDC برای ردیابی تکامل ویروسی SARS-CoV-2 استاجرای نظارت ژنومی چند وجهی برای درکفرآیندهای اپیدمیولوژیک، ایمونولوژیک و تکاملیکه فیلوژن های ویروسی را شکل می دهند (فیلودینامیک).راهنمای شیوعتحقیقات؛و تشخیص و مشخصه را تسهیل می کندعفونت مجدد احتمالی، موارد پیشرفت واکسن، وانواع ویروسی در حال ظهوردر نوامبر 2020، CDC تأسیس شدبرنامه نظارت ملی SARS-CoV-2 Strain Surveillance (NS3).برای بهبود نمایندگی داخلی SARS-CoV-2دنباله هااین برنامه با 64 نفر از مردم ایالات متحده همکاری می کندآزمایشگاه های بهداشتی برای حمایت از سیستم نظارت ژنومی؛NS3 همچنین در حال ساخت مجموعه‌ای از نمونه‌های SARS-CoV-2 استتوالی برای حمایت از پاسخ بهداشت عمومی و علمیتحقیق برای ارزیابی تاثیر جهش های نگران کننده براقدامات متقابل توصیه شده پزشکی موجودCDC داردهمچنین با چندین آزمایشگاه بزرگ تجاری بالینی قرارداد گرفتابزارهایی برای توالی دهی سریع ده ها هزار SARS-CoV-2نمونه های مثبت هر ماه و هفت دانشگاه را تامین مالی کرده استموسسات نظارت ژنومی را به صورت مشارکتی انجام دهندبا آژانس های بهداشت عمومی، در نتیجه به طور قابل توجهی بهدر دسترس بودن داده های نظارت ژنومی به موقع از سراسر کشورایالات متحده.علاوه بر این ابتکارات ملی،بسیاری از آژانس های بهداشت عمومی ایالتی و محلی در حال توالی یابی هستند

شکل 1. مسیرهای بروز مورد شبیه سازی شده* انواع SARS-CoV-2 فعلی و نوع B.1.1.7،با فرض عدم واکسیناسیون جامعهو Rt اولیه = 1.1 (A) یا Rt اولیه = 0.9 (B) برای انواع فعلی-ایالات متحده، ژانویهآوریل 2021

 

شکل 1
شکل 2
اختصارات
شکل 1

SARS-CoV-2 برای درک بهتر اپیدمیولوژی محلی وحمایت از پاسخ بهداشت عمومی به همه گیرییافته های این گزارش حداقل دارای سه محدودیت هستنداستفاده ازاول، بزرگی افزایش در انتقالدر ایالات متحده در مقایسه با آنچه در ایالات متحده مشاهده شدبریتانیا همچنان نامشخص است.دوم، شیوعB.1.1.7 در ایالات متحده نیز در حال حاضر ناشناخته است، اماتشخیص انواع و تخمین شیوع بهبود خواهد یافتبا افزایش تلاش های نظارتی ایالات متحده.در نهایت، میتیگا محلیاقدامات نیز بسیار متغیر است، که منجر به تغییر در آن می شودR t.نتایج خاص ارائه شده در اینجا بر اساس شبیه سازی استپس از 1 ژانویه هیچ تغییری در اقدامات کاهشی در نظر گرفته نشد.افزایش قابلیت انتقال جنگ نوع B.1.1.7اجرای دقیق استراتژی های بهداشت عمومی را بهکاهش انتقال و کاهش تأثیر بالقوه B.1.1.7،خرید زمان حیاتی برای افزایش پوشش واکسیناسیونCDCداده‌های مدل‌سازی نشان می‌دهد که استفاده جهانی از و افزایش انطباقاقدام با اقدامات کاهشی و واکسیناسیون بسیار مهم استتعداد موارد جدید و مرگ و میر را به میزان قابل توجهی کاهش دهدماه های آیندهعلاوه بر این، آزمایش استراتژیک افراد بدونعلائم COVID-19، اما کسانی که در معرض خطر بیشتری هستندعفونت با SARS-CoV-2، فرصت دیگری را فراهم می کندگسترش مداوم را محدود کنیددر مجموع، نظارت ژنومی افزایش یافته استلنس همراه با افزایش انطباق با بهداشت عمومیاستراتژی های کاهش، از جمله واکسیناسیون، فاصله فیزیکیاستفاده از ماسک، بهداشت دست و ایزوله و قرنطینه،برای محدود کردن شیوع SARS-CoV-2 ضروری خواهد بودحفاظت از سلامت عمومی

قدردانی

اعضای توالی اورژانس بهداشت عمومیکنسرسیوم واکنش، اپیدمیولوژی و نظارت؛ایالتی و محلیآزمایشگاه های بهداشت عمومی؛انجمن آزمایشگاه های بهداشت عمومی;تیم پاسخگویی به COVID-19 CDC؛شاخه ویروس های تنفسی،فرم بخش بیماری های ویروسی، CDC. Committee of Medical Journal Editors برای افشای پتانسیلتضاد علاقه.هیچ تضاد منافع احتمالی فاش نشد.

منابع

1. بهداشت عمومی انگلستان.بررسی نوع جدید SARS-CoV-2: نوع نگرانی 202012/01، جلسه توجیهی فنی 3. لندن، بریتانیا: بهداشت عمومی انگلستان.2020. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/950823/Variant_of_Concern_VOC_202012_01_Technical_Briefing_3_-_Eng
2. Kemp SA، Harvey WT، Datir RP، و همکاران.ظهور و انتقال مکرر یک حذف سنبله SARS-CoV-2 ΔH69/V70.bioRxiv[پیش‌چاپ در 14 ژانویه 2021 به صورت آنلاین ارسال شد.https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.14.422555v4
3. Volz E, Mishra S, Chand M, et al.انتقال دودمان SARS-CoV-2 B.1.1.7 در انگلستان: بینش هایی از پیوند داده های اپیدمیولوژیک و ژنتیکی.medRxiv [پیش چاپ در 4 ژانویه 2021 به صورت آنلاین ارسال شد].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.30.20249034v2
4. Honein MA، Christie A، Rose DA، و همکاران.تیم پاسخگویی به COVID-19 CDC.خلاصه راهنمای راهبردهای بهداشت عمومی برای رسیدگی به سطوح بالای انتقال جامعه SARS-CoV-2 و مرگ‌های مرتبط، دسامبر 2020. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2020; 69:1860–7.PMID:33301434 https://doi.org/10.19e258
5. Volz E, Hill V, McCrone JT, et al.;کنسرسیوم COG-UK.ارزیابی اثرات جهش سنبله SARS-CoV-2 D614G بر قابلیت انتقال و بیماری زایی.Cell 2021؛ 184:64-75.e11.PMID:33275900 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.11.020
6. Korber B, Fischer WM, Gnanakaran S, et al.;گروه ژنومیکس شفیلد COVID-19.ردیابی تغییرات در سنبله SARS-CoV-2: شواهدی مبنی بر اینکه D614G عفونت‌زایی ویروس COVID-19 را افزایش می‌دهد.سلول
2020؛ 182:812-27.PMID:32697968 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.06.043
7. McCarthy KR، Rennick LJ، Namnulli S، و همکاران.حذف های طبیعی در گلیکوپروتئین اسپایک SARS-CoV-2 باعث فرار آنتی بادی می شود.bioRxiv [پیش‌چاپ ارسال شده به صورت آنلاین در 19 نوامبر 2020].https://www.biorxiv.org/content/
10.1101/2020.11.19.389916v18.الگوهای ترک ژن Washington NL، White S، Schiabor KM، Cirulli ET، Bolze A، Lu JT.S در آزمایش‌های SARS-CoV-2 گسترش جهش H69del/V70del را در ایالات متحده نشان می‌دهد.medRxiv [پیش‌چاپ ارسال شده آنلاین در 30 دسامبر 2020].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.24.20248814v1
9. Weisblum Y, Schmidt F, Zhang F, et al.فرار از آنتی بادی های خنثی کننده توسط انواع پروتئین SARS-CoV-2.eLife 2020;9:e61312.PMID:33112236 https://doi.org/10.7554/eLife.61312
10. Greaney AJ، Loes AN، Crawford KHD، و همکاران.نقشه برداری جامع از جهش ها به دامنه اتصال گیرنده SARS-CoV-2 که بر شناسایی توسط آنتی بادی های سرم انسانی پلی کلونال تأثیر می گذارد.bioRxiv [پیش چاپ در 4 ژانویه 2021 به صورت آنلاین ارسال شد].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.31.425021v1


زمان ارسال: فوریه 11-2021