اخیراً یک چیز شگفت انگیز کشف کردم!بسیاری از متخصصان تجربی پیشرفته در اطراف او حتی برخی از نکات بسیار ابتدایی دانش تجربی را نمی دانند.

به عنوان مثال می توانید به سوالات زیر پاسخ دهید؟

آیا تفاوتی بین OD260 و A260 وجود دارد؟هر کدام به چه معناست؟
OD مخفف چگالی نوری (چگالی نوری)، A مخفف جذب (جذب) است، این دو مفهوم در واقع یکسان هستند، "چگالی نوری" "جذب" است، اما "چگالی نوری" مطابق با اکثر استانداردهای ملی و استانداردتر است.

معمولاً برای محاسبه غلظت اسید نوکلئیک مقدار OD را در 260 نانومتر اندازه گیری می کنیم، بنابراین 1OD چه چیزی را نشان می دهد؟
اسید نوکلئیک دارای حداکثر پیک جذب در طول موج 260 نانومتر است که حاوی DNA و RNA و همچنین قطعات اسید نوکلئیک تکه تکه شده است (این نکته کلیدی است).
مقدار OD اندازه گیری شده در طول موج 260 نانومتر به عنوان OD260 ثبت شد.اگر نمونه خالص باشد، مقدار OD260 می تواند غلظت نمونه اسید نوکلئیک را محاسبه کند.
1 OD260=50μg/ml dsDNA (DNA دو رشته ای)
=37 میکروگرم بر میلی لیتر ssDNA (DNA تک رشته ای)
=40 میکروگرم بر میلی لیتر RNA
= 30μg/ml dNTPs (الیگونوکلئوتیدها)
آیا ارتباط و تفاوتی بین RT-PCR، Realtime-PCR و QPCR وجود دارد؟
RT-PCR مخفف عبارت Reverse Transcription PCR است
Real Time PCR=qPCR، مخفف Quantitative Real Time PCR
اگرچه Real Time PCR (Real-time fluorescent Quantitative PCR) و Reverse Transcription PCR (Reverse transcription PCR) هر دو به اختصار RT-PCR به نظر می رسند.اما کنوانسیون بین المللی این است: RT-PCR به طور خاص به PCR رونویسی معکوس اشاره دارد.

متداول nt، bp و kb برای توصیف طول DNA/RNA در زیست شناسی کدامند؟
nt = نوکلئوتید
bp = جفت پایه جفت پایه
kb = کیلو پایه

البته می گویید خیلی ها به این جزئیات کوچک اهمیت نمی دهند!همه این کار را می کنند و هیچ کس از شما نخواهد پرسید که چیست.می دانید که این غیر ضروری است، درست است؟

نه، نه، نه، دانستن این موضوع بسیار ضروری است!به خاطر کدام
چون می خواهید مطلبی ارسال کنید!برادر!چه به دنبال فارغ التحصیلی باشید و چه به دنبال دستاوردهای تحقیقاتی علمی باشید، برای صحبت کردن باید به مقالات تکیه کنید!

استخراج اسید نوکلئیک باید ساده ترین و اساسی ترین آزمایش باشد.کیفیت استخراج اسید نوکلئیک به طور مستقیم نتایج آزمایش های بعدی را تعیین می کند.

با اینکه بارها گفته ام اما هنوز دوستان زیادی هستند که اهمیتی نمی دهند.این بار تصمیم گرفتم از مقاله خارج شوم!

حداقل اطلاعات برای انتشار آزمایش های کمی PCR در زمان واقعی، به نام MIQE، مجموعه ای از دستورالعمل های آزمایش کمی فلورسانس است که در سطح بین المللی راه اندازی شده است، که حداقل استانداردهایی را برای اطلاعات تجربی لازم برای ارزیابی آزمایش های PCR کمی فلورسانس و انتشار مقالات پیشنهاد می کند.از طریق شرایط آزمایشی و روش‌های تحلیل ارائه شده توسط آزمایش‌گر، بازبینان بهتر می‌توانند اعتبار طرح آزمایشی محقق را ارزیابی کنند.

مشاهده می شود که در بخش استخراج اسید نوکلئیک موارد تشخیص زیر پیشنهاد شده است:

"E" نشان دهنده اطلاعاتی است که باید ارائه شود و "D" نشان دهنده اطلاعاتی است که در صورت لزوم باید ارائه شود.

فرم بسیار پیچیده است، در واقع، می خواهم بگویم که همه باید از آن شروع کنند

خلوص (D)، بازده (D)، یکپارچگی (E) و قوام (E) برای ارزیابی اسیدهای نوکلئیک در این چهار جنبه.

طبق عادات تجربی ابتدا در مورد روش های ارزیابی خلوص و تمرکز صحبت کنید.

اندازه‌گیری OD محبوب‌ترین و ساده‌ترین روش تشخیص برای آزمایش‌کنندگان است.در مورد اصل، من در اینجا به جزئیات نمی پردازم.اکنون بسیاری از آزمایشگاه‌ها از اسپکتروفتومترهای فوق میکرو برای آنالیز کمی نمونه‌های اسید نوکلئیک استفاده می‌کنند.در حین نمایش مقدار جذب، برنامه به طور مستقیم مقدار غلظت (اسید نوکلئیک، پروتئین و رنگ فلورسنت) و نسبت های مربوطه را می دهد.در مورد تجزیه و تحلیل مقدار OD، این تصویر را ذخیره کنید، خوب خواهید شد.

لیست راه حل ارزش OD جهانی

با این حال، چند اخطار وجود دارد که باید به طور جداگانه برای شما بیان شود.

(در آخر، من می دانم که شما باید کسانی باشید که پس انداز می کنید و صبر می کنید تا به آنها نیاز داشته باشید!)

تبصره 1 تجهیزات

مقدار OD تحت تأثیر تجهیزات مختلف قرار خواهد گرفت.تا زمانی که OD260 در محدوده خاصی قرار دارد، مقادیر OD230 و OD280 معنی دار هستند.به عنوان مثال، محدوده جذب Eppendorf D30 معمولی در 260 نانومتر 0 تا 3 آمپر است و NanoDrop One Thermo در 260 نانومتر است.محدوده جذب 0.5 تا 62.5A.

تبصره 2معرف رقیق سازی

مقدار OD را می توان تحت تأثیر رقیق سازی معرف های مختلف قرار داد.به عنوان مثال، قرائت OD260/280 RNA خالص شده در pH7.5 10 میلی متر تریسبافر بین 1.9-2.1 است، در حالی که درمحلول آبی خنثینسبت کمتر خواهد بود، شاید فقط 1.8-2.0، اما این بدان معنا نیست که کیفیت RNA تفاوت را تغییر می دهد.

نکته 3مواد باقیمانده

وجود مواد باقیمانده بر دقت اندازه گیری غلظت اسید نوکلئیک تأثیر خواهد گذاشت، بنابراین لازم است تا حد امکان از باقی مانده پروتئین، فنل، پلی ساکارید و پلی فنل در نمونه های اسید نوکلئیک خودداری شود.

با این حال، در واقع استخراج با معرف های آلی یک روش قدیمی است.در کیت های تجاری، اثر استخراج را می توان از طریق یک ستون جذب مبتنی بر سیلیس همراه با سانتریفیوژ، اجتناب از معرف های آلی سمی و مضر که به سختی حذف می شوند و غیره به دست آورد.کیت استخراج اسید نوکلئیک Foregene، از DNase/RNase و معرف‌های آلی سمی در طول عملیات، سریع و ایمن استفاده نمی‌کند., واثر استخوب(به طور اتفاقی گفت که کچل است، اما می دانم که شما می خواهید بدانید).

مثال 1: بازده و خلوص استخراج DNA ژنومی

کیت جداسازی DNA خاک Foregene (DE-05511) نمونه های خاک را از منابع مختلف تصفیه می کند و مقدار و خلوص DNA ژنومی بدست آمده در جدول زیر نشان داده شده است:
مثال 2: بازده و خلوص استخراج RNA بافت

کیت جداسازی RNA توتال حیوانی (RE-03012) نمونه‌های بافت مختلف را پردازش کرد و مقدار و خلوص RNA به‌دست‌آمده در جدول زیر (برای بافت موش) نشان داده شده است:
با این حال، فکر نکنید که کار شما با مقدار OD تمام شده است.آیا از نکات کلیدی که در جبهه برای شما ترسیم کردم مراقبت دارید؟

اطلاع

مولکول های اسید نوکلئیک تکه تکه شده نیز در جذب محاسبه می شوند.با فرض اینکه بقایای DNA ژنومی در RNA دارید، مقدار OD شما بسیار بالا به نظر می رسد، اما غلظت واقعی RNA را نمی توان تعیین کرد.آیا RNA شما مشخص نیست که آیا تخریب وجود دارد یا خیر، بنابراین ما هنوز به یک روش ارزیابی جامع برای قضاوت دقیق‌تر نیاز داریم، یعنی ارزیابی یکپارچگی اسید نوکلئیک ذکر شده در MIQE.